アップロードした写真のサイズが変わる

ウェブのアップロード画面からは問題ないんだけど、デスクトップアップローダー経由で写真をアップロードすると、ファイルサイズや画像の大きさが変わってしまうのは、どこのどういう設定をいじれば直るんだろう？